Modernizacijski fond uspostavljen je donošenjem Direktivom 2003/87/EZ Europskog parlamenta i Vijeća od 13. listopada 2003. o uspostavi sustava trgovanja emisijskim jedinicama stakleničkih plinova unutar Unije i o izmjeni Direktive EU 2018/410 na razini Europske unije, te su detaljna pravila propisana Provedbenom direktivom:
Pravni temelj za provedbu Modernizacijskog fonda u Republici Hrvatskoj uspostavljen je donošenjem Zakona o klimatskim promjenama i zaštiti ozonskog sloja te Uredbom o mehanizmima financiranja u okviru sustava trgovanja emisijama stakleničkih plinova: