Iznimno značajan ekosustav u pogledu vode u Hrvatskoj je prostrani riječni ekosustav duž rijeka Mure, Drave i Dunava. Mozaik vlažnih staništa poput poplavnih šuma, vlažnih travnjaka, sprudova, obala, mrtvih rukavaca, napuštenih korita i meandara određuje iznimnu biološku raznolikost ovog područja u kojem je utvrđeno čak 75 tipova staništa te brojne rijetke i ugrožene vrste flore i faune. Obzirom da se radi o pograničnom riječnom području, nužno je upravljanje cjelovitim ekosustavom s obje strane rijeke, stoga su Hrvatska i Mađarska donijele zajedničku deklaraciju o uspostavi prekograničnog rezervata biosfere kao optimalnog oblika međunarodne zaštite. Prekogranični Rezervata biosfere Mura – Drava – Dunav između Hrvatske i Mađarske proglašen je 2012. godine.
Područje jezgre predstavlja kralježnicu rezervata biosfere te sadržava najvrjednija prirodna područja, pretežno poplavna područja rijeka Mure, Drave i Dunava omeđena nasipima, a koja uživaju zakonsku zaštitu kao područja Nacionalne ekološke mreže ili zaštićena područja. Ovdje prevladavaju stanišni tipovi poplavne šume vrbe i topole, srednjoeuropske vlažne livade te stalne tekućice i stajačice, uz koja treba dodati osobito značajna staništa šljunčanih obala i sprudova, pješčanih sprudova i strmih obala.
Zaštitni pojas okružuje područje jezgre te ga štiti od nepovoljnog utjecaja. Obuhvaća područje izvan nasipa ovih rijeka, te se poklapa s granicom Regionalnog parka Mura-Drava i Parka prirode Kopački rit. Sastoji se od mozaika vlažnih staništa, šuma, livada, travnjaka, poljoprivrednih površina te manjih naselja, koji po svojoj raznolikosti korištenja također značajno doprinose očuvanju vrsta. U području regionalnog parka i parka prirode su dopuštene gospodarske djelatnosti koje ne narušavaju njihove bitne značajke i uloge. Osim zaštitne funkcije ovaj pojas ima i veliki potencijal za razvoj seoskog turizma i rekreacije u prirodi, te ekološke poljoprivrede i prodaje lokalnih proizvoda, što je značajni gospodarski potencijal za svih šest županija kojima se proteže rezervat biosfere: Međimursku, Varaždinsku, Koprivničko-križevačku, Virovitičko-podravsku, Osječko-baranjsku i Vukovarsko-srijemsku.
Prijelazno područje čini pojas od 5 km oko zaštitnog pojasa, a karakteriziraju ga urbana područja u kojem ključnu ulogu imaju veći gradovi, kao što su Čakovec, Varaždin, Koprivnica, Virovitica, Osijek i Vukovar. U njima se nalaze brojne institucije koje pružaju značajnu podršku istraživanju, edukaciji, prezentaciji i organizaciji aktivnosti u rezervatu biosfere, poput sveučilišta, obrazovnih ustanova, muzeja, županijskih i gradskih organizacija, udruga, turističkih agencija i brojnih drugih. Osim organizacijske potpore ovi centri imaju i ekonomsku snagu za osiguravanjem uvjeta očuvanja središnje jezgre i zaštitnog pojasa te planiranjem održivog razvoja područja utemeljenog na razumnom korištenju prirodnih dobara.
