Sukladno članku 112. Zakona o zaštiti zraka ("Narodne novine", broj 130/11, 47/14), operater postrojenja koji je ishodio dozvolu za emisije stakleničkih je do 15. srpnja 2012. godine Ministarstvu moglo podnijeti zahtjev za isključenje iz sustava trgovanja emisijskim jedinicama ako:
Ekvivalentna mjera provodi se plaćanjem posebne godišnje naknade na emisije stakleničkih plinova. Naknada se izračunava kao razlika verificirane emisije iz postrojenja u prethodnoj godini i emisije koja odgovara količini emisijskih jedinca koje bi se operateru tog postrojenja dodijelile besplatno pomnožena s visinom jedinične naknade. Vlada Republike Hrvatske donosi odluku o visini jedinične naknade na prijedlog ministra nadležnog za poslove zaštite okoliša, za prethodnu kalendarsku godinu do 31. ožujka tekuće godine.
Odluka o visini jedinične naknade na emisije stakleničkih plinova za operatere postrojenja isključenih iz sustava trgovanja emisijskim jedinicama za 2013. godinu objavljena 28. kolovoza 2014. u Narodnim novinama br. 105/14 i iznosi 32,78 kn/t CO2.
Isključenjem iz sustava trgovanja emisijskim jedinicama operater postrojenja nije dužan predati emisijske jedinice i ne dodjeljuju mu se besplatne emisijske jedinice .
Operater postrojenja koje je isključeno iz trgovanja emisijskim jedinicama obvezan je pratiti emisije stakleničkih plinova i dostaviti verificirano izvješće Agenciji do 31. ožujka tekuće godine za proteklu kalendarsku godinu.