Sve koordinacijske poslove vezano uz suradnju s EU institucijama obavlja Služba za europske integracije. To se, između ostalog, odnosi na radne skupine Vijeća za okoliš, za koja se u okviru redovitog zakonodavnog postupka izrađuju stajališta RH na prijedloge propisa Europske komisije koje zajednički donose Europski parlament i Vijeće EU. Služba obavlja i koordinaciju i izradu stajališta i svih podloga za sastanke Međuresorne radne skupine i Koordinacije za vanjsku i europsku politiku.
Služba djeluje kao glavna kontakt točka za primanje i koordinaciju dokumenata Europske unije koji se dostavljaju od strane Stalnog predstavništva RH pri EU u cilju sudjelovanja u radnim skupinama Vijeća Europske unije, odborima i stručnim skupinama Europske komisije.
U Službi se koordinira izrada Programa za preuzimanje i provedbu pravne stečevine, kontinuirano tijekom godine prate statusi donošenja planiranih propisa te se vodi postupak ispunjavanja baze podataka EK (MNE baza) u kojoj države članice unose podatke o prenošenju direktiva EU u nacionalno zakonodavstvo.
Služba obavlja i poslove vezane uz koordinaciju i podršku IPA projektima namijenjenih jačanju institucionalnih sposobnosti za pridruživanje (IPA I komponenta) iz nadležnosti Ministarstva odnosno u okviru sektora Okoliš, djeluje kao kontakt točka za te projekte te obavlja aktivnosti vezane uz ostale instrumente i programe Europske unije kao što su IPA II komponenta – prekogranična suradnja, LIFE, Višekorisnički IPA program, te putem Ministarstva vanjskih i europskih poslova koordinira suradnju s Uredom TAIEX tehničke pomoći.