Mješovita komisija za zaštitu voda Jadranskog mora i obalnih područja osnovana je 1977. g. na temelju Sporazuma o suradnji na zaštiti voda Jadranskog mora i obalnih područja od zagađivanja sklopljenog 1974. godine između bivše Jugoslavije i Italije radi multidisciplinarnog rješavanja problema okoliša u Jadranskom prostoru. Republika Hrvatska stranka je Sporazuma o suradnji temeljem sukcesije međunarodnih ugovora, a ostale države članice Komisije su Republika Slovenija, Talijanska Republika i Crna Gora.
Svaka država imenuje predsjedatelja i članove komisije. U RH koordinaciju aktivnosti vodi Ministarstvo zaštite okoliša i prirode, a članovi su predstavnici ministarstava nadležnih za aktivnosti u okviru Komisije: Ministarstvo vanjskih i europskih poslova, Ministarstvo financija, Ministarstvo poljoprivrede, Ministarstvo pomorstva, prometa i infrastrukture, Ministarstvo kulture, Ministarstvo znanosti, obrazovanja i sporta. U radu Mješovite komisije sudjeluju i stručnjaci čiji se rad tiče problematike zaštite Jadrana.
Komisija razmatra sve probleme koji se odnose na zagađivanje voda Jadranskog mora i obalnog područja, daje prijedloge i preporuke vladama po pitanju istraživanja koja smatra potrebnim, daje mišljenje o programima i brine za njihovo usklađivanje, predlaže vladama mjere koje trebaju poduzeti za uklanjanje postojećih i sprečavanje novih uzroka zagađenja, podnose vladama nacrte međunarodnih propisa potrebnih za osiguranje čistoće Jadranskog mora. Komisija se dosad bavila sljedećim aktivnostima:
- zajednički rad na kontinuiranom ispitivanju ekosustava Jadranskog mora,
- suradnja i izravna međusobna pomoć u suzbijanju incidentnih onečišćenja i posebna zaštita osjetljivih područja te donošenje zajedničkog (Subregionalnog) Plana intervencija kod iznenadnog onečišćenja Jadrana (Subregionalni plan intervencija potpisan je 2005. godine u Portorožu),
- uspostavljanje sustava odvojene plovidbe odnosno uspostavljanje plovidbenih puteva Jadranom,
- utvrđivanje i suzbijanje onečišćenja neadekvatnim rukovanjem i odlaganje krutog odnosno opasnog otpada,
- suradnja u vezi s revitalizacijom i zaštitom ambijentalnih vrijednosti (krajobraza, prirode i graditeljskog nasljeđa),
- saniranje najopterećenijih područja (Po, Tršćanski, Koparski, Riječki, Kaštelanski zaljev) te ostalih područja većih gradova, industrijskih zona i luka,
- suradnja u preventivnoj zaštiti odnosno u provođenju daljnjih strategija razvoja usklađenog s očuvanjem resursa,
- informativna djelatnost
- rješavanje problematike balastnih voda u Jadranu.
Rad Komisije trenutno se odvija kroz tri potkomisije. Na sastanku Komisije u Portorožu u rujnu 2011. godine dotadašnje potkomisije preimenovane su u sljedeće:
- U okviru Potkomisije za upravljanje balastnim vodama i planovima intervencija, koja je ujedno pruža potporu aktivnostima GloBallast (UNDP/GEF/IMO) projekta, pokrenute su aktivnosti na izradi Jadranske strategije upravljanja balastnim vodama.
- Zadaća Potkomisije za integralno upravljanje obalnim područjem i održivi razvoj je promovirati sub-regionalnu i transnacionalnu suradnju i koordinaciju za pravovremenu provedbu Protokola za integralno upravljanje obalnim područjem i njegov Akcijski plan.
- Potkomisija za provedbu Okvirne direktive o morskoj strategiji osnovana je s ciljem koordinacije aktivnosti i razmjene informacija između zemalja Jadrana na provedbi EU Direktive o morskoj strategiji. Kroz ovu Potkomisiju preispitat će se i uskladiti postojeći monitoring programi, liste indikatora i metodologije kako bi se izabrali najprikladniji za Jadran i kako bi se omogućila razmjena i uspoređivanje podataka.
Mješovita Komisija sastaje se godišnje jednom do dva puta, a svake godine domaćinstvo preuzima druga članica.